KBAの選定は、以下のような流れで進められました。

1. 1. KBAと類似の取組みで選ばれている地域の把握

   日本の調査では、IBAとAZEを全てKBAに取り込みました。

2. 2. KBA選定基準に則り、対象とする分類群から対象種（KBA選定の根拠となる種）の選定

   危機性は、IUCNのレッドリストでCR、EN、VUに分類されている種を対象にしましたが、このリストが不完全な分類群については、日本固有種に限り、国内レッドリストの分類も取り入れました。下表は対象種のリストです。（鳥類以外）

3. 3. 対象種の生息地の把握

   自然環境保全基礎調査の3次メッシュ分布情報を、環境省・生物多様性センターの許可を得て使用した他、「重要湿地500」も参考にしています。なお、情報が少ない種については、文献から生息地情報を補いました。

4. 4. 対象種の生息地を含むようにKBAの境界線を決定

   生息地を含む既存の保護地域^※およびIBA、AZEは分断することなくKBAに含めています。これらの外にある生息地を含む境界線を新たに引く場合には、自然環境保全基礎調査の植生図や自治体の境界線を参考にしました。

※ KBA選定にあたっては、自然公園（国立公園、国定公園、都道府県立自然公園）、原生自然環境保全地域、自然環境保全地域、国指定および都道府県指定鳥獣保護区、森林生態系保護地域を保護地域とみなしました。